教育部水處理與水環境修複工程研究中心

國家環境保護有機化工廢水處理與資源化工程技術中心

國家環境保護長江中下遊水生态健康重點實驗室

江蘇省固體廢物資源化工程研究中心

江蘇省生态環境保護化學品安全與健康風險研究重點實驗室

南京大學-江蘇省環境保護廳環境管理與政策研究中心

江蘇省大氣污染控制聯合實驗室（與江蘇省環科院、南京信息工程大學合建）